Требования к включению в программу маркировки лекарственных препаратов подробно изложены на сайте "Честный ЗНАК". Маркировка лекарственных препаратов до конца 2019 является добровольной и вступить в программу может каждый представитель указанной категории бизнеса вне зависимости от объема годовой выручки и специфики — розница, опт, импорт. 

Специально для целей проекта создана и внедрена национальная информационная система по мониторингу движения лекарственных препаратов, первоначально подотчетная ФНС. Информационный портал "ОНЛАЙН-КАССА" сообщает, что сейчас маркировка лекарственных препаратов осуществляется DataMatrix кодами — 2D-картинками из множества черных и белых точек (мини-квадратов). Именно такие коды были выбраны разработчиками по ряду причин: DataMatrix уникальны и не генерируются повторно; DataMatrix могут считываться даже при повреждении большой части изображения, такая «самозащищенность« является гарантией читаемости зашифрованных данных; коды являются международными — таким образом решается вопрос экспортно-импортной торговли. 

Дополнительное применение криптографической защиты маркировки возможно. Пока такие требования не введены в качестве обязательных, но законодателем эта возможность рассматривается. Опасения по поводу внедрения криптозащиты касаются : увеличения стоимости маркировочных линий для производителей, а это повлечет за собой рост цены для покупателя; снижения экспортного спроса — в большинстве стран такая защита не используется, соответственно, практики учета такой продукции и соответствующего оборудования нет.