В 1990 году в России на фоне новой общественно-политической обстановки была принята Декларация о суверенитете, где одним из ключевых положений было провозглашение приоритета российского законодательства. Среди первых законопроектов социальной направленности был проект закона РСФСР "О санитарно-эпидемиологическом благополучии населения".

Согласно Закону РСФСР от 19 апреля 1991 года и постановлению Совмина РСФСР от 19 июня 1991 года № 343, был создан Государственный комитет санитарно-эпидемиологического надзора РСФСР (Госкомсанэпиднадзор).

Одним из важнейших положений Закона было построение организационной структуры Госсанэпиднадзора РСФСР по иерархическому принципу с централизацией управления на федеральном уровне. В 1991 году было утверждено первое Положение о Государственной санитарно-эпидемиологической службе РСФСР.

В конце 1991 года Госкомсанэпиднадзор РСФСР был передан в ведение президента Российской Федерации для обеспечения независимости и самостоятельности в реализации своих функций.

В апреле 1992 года была утверждена Концепция развития Государственной санитарно-эпидемиологической службы Российской Федерации, а в 1993 году была принята федеральная целевая программа "Развитие Государственной санитарно-эпидемиологической службы РСФСР на период 1993–1995 гг.".

Закон "О санитарно-эпидемиологическом благополучии населения" существенно расширил функции госсанэпидслужбы, предусмотрев создание системы наблюдения и прогнозирования состояния здоровья населения в связи с воздействием вредных факторов среды обитания.

В 1993–1994 годах была разработана система государственного социально-гигиенического мониторинга, а также внедрены экономические механизмы решения проблем санитарно-эпидемиологического благополучия населения.

Важно отметить, что именно в сложный период политических и экономических преобразований в России в начале 90-х годов было сформирована адекватная государственная политика в области санитарно-эпидемиологического благополучия страны.