В рамках выездной налоговой проверки инспекция установила, что ООО заявило вычеты по НДС и учло в составе расходов по налогу на прибыль приобретение поддонов (б/у) у спорных контрагентов ООО. По мнению инспекции, сделки не имели разумной хозяйственной (деловой) цели, а были направлены на получение налоговой экономии в виде неполной уплаты в бюджет НДС и налога на прибыль. Фактически спорные поддоны приобретались обществом за наличный расчет у физических лиц без отражения таких операций в бухгалтерском и налоговом учетах. Инспекция сделала вывод о не соблюдении обществом условий, установленных подпунктом 2 пункта 2 статьи 54.1 Налогового кодекса Российской Федерации, то есть в действительности товар был куплен не у спорного контрагента, а у стороннего физического лица, который не участвовал в договоре.

Не согласившись с решением инспекции, организация обратилась в суд. Она указала, что представила все надлежащим образом оформленные документы, необходимые для получения налоговых вычетов и учета затрат по приобретению поддонов.

Суды трех инстанций отказали компании в удовлетворении требований. С учетом установленных обстоятельств суды пришли к выводу, что налоговый орган доказал отсутствие сделок между заявителем и вышеназванными контрагентами. Они указали, что налоговый орган обоснованно применил положения статьи 54.1.НК РФ при доначислении по налогу на прибыль, а правовые основания для применения расчетного метода определения налоговых обязательств отсутствовали.