Большинство исследователей подтверждают корреляцию неприятного запаха изо рта (галитоз) с концентрацией летучих сернистых соединений, производимых в полости рта при метаболизме так называемых анаэробных бактерий, живущих без кислорода. Анаэробные микроорганизмы в процессе своей жизнедеятельности выделяют множество пахучих веществ, имеющих неприятный запах: метантиол (запах гнилой капусты), сульфид (запах тухлых яиц), кадаверин (запах трупного гниения), бутират (запах прогорклого масла), скатол (запах фекалий). В полости рта микробы, получают питательные вещества из двух источников — внутреннего (слюна) и внешнего (продукты, потребляемые человеком). Из факторов, определяющих природу и состояние флоры полости рта, решающим, по мнению ряда авторов, является слюна. Изменение таких параметров слюны, как количество и вязкость, приведут к изменению питательных, защитных, окислительных процессов.

Употребление кофе является неотъемлемой частью повседневной жизни людей во всем мире, но типы кофе и личные предпочтения в разных регионах и группах населения сильно различаются, что, возможно, обуславливает разнящиеся результаты научных исследований.

Часть из них говорит о том, что кофе может снижать неприятный запах изо рта. Например, в исследованиях сообщается, что экстракты кофе обладают антимикробной активностью в дополнение к способности ингибировать выработку ферментов микроорганизмов, вызывающих кариес и заболевания десен. Кроме того, ученые показывают, что экстракт кофе значительно минимизирует концентрацию сероводорода, а также анаэробных бактерий, продуцирующих его.

В то же время есть исследования, которые говорят о том, что кофе снижает уровень оксигенации и увеличивает уровень кислотности слюны, а значит увеличивается возможность для размножения анаэробных бактерий. Эти обстоятельства могут приводить к так называемому «кофейному дыханию», как правило, это происходит у людей, употребляющих много кофе. Неумеренное употребление этого напитка вызывает сухость во рту. Она частично обусловлена кофеином, который обладает мочегонным действием, и частично танинами, известными своими вяжущими свойствами, они создают терпкость. Сухость (ксеростомия) ротовой полости может усугубить неприятный запах.

Употребление кофе может вызвать развитие дисколоритов зубов. Потемнение может быть связано с внешним окрашиванием, когда в поверхностный зубной налет проникают пигменты кофе. Этот налет удалятся во время ежедневной чистки зубов, более плотный и объёмный убирают с помощью профессиональной чистки. Длительное и объёмное употребление кофе может приводить к внутреннему прокрашиванию зубов, когда молекулы красящих веществ, диффундируя сквозь эмаль, оседают во внутренней ткани — дентине — и зубы становятся более желтыми. Исправить эту ситуацию может только профессиональное химическое отбеливание зубов. Снизить вероятность внешнего и внутреннего окрашивания зубов может употребление кофе с добавлением молока. Добавление молока в кофе также снижает его кислотность, да и вообще объём употребляемого кофе. Поэтому, если кофеман не может отказаться от напитка, лучше ему пить кофе с молоком.